metaFun에 오신 것을 환영합니다

metaFun에 오신 것을 환영합니다#

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metaFun : An analysis pipeline for metagenomic big data with fast and unified Functional searches#

metaFun은 Nextflow와 apptainer로 구현되었습니다. conda 또는 mamba를 사용하여 쉽게 설치하고 실행할 수 있습니다. 이 패키지는 Bioconda 채널(https://anaconda.org/bioconda/metafun)에 등록되어 있습니다.

소개#

metaFun은 메타게놈 어셈블 게놈(MAG)의 빠르고 확장 가능한 생성과 통계 분석을 포함한 분류학적 프로파일링을 목표로 합니다. 사용자가 관심 있는 게놈과 메타데이터를 사용하여 빠른 비교 유전체 분석과 기능 주석을 가능하게 합니다.

metafun_pipeline

metaFun 파이프라인의 조망도. 이 파이프라인은 일곱 개의 분석 모듈과 네 개의 인터랙티브 모듈로 구성되어 있습니다.#

빠른 시작#

  1. 필수 구성 요소 설치 (conda, miniconda, or mamba)

     # Linux OS를 사용한다고 가정합니다.
 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh
 # -p $PATH를 교체하여 설치 경로를 지정할 수 있습니다. $PATH는 conda 설치의 기본 디렉토리입니다.
 bash miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3
 rm  miniconda.sh

  2. metaFun 설치

    # metafun 환경 만들기

conda create -n metafun bioconda::metafun
conda activate metafun

  3. 데이터베이스 다운로드

    (metafun)  metafun  -module DOWNLOAD_DB 
# 도움말 보기
(metafun)  metafun  -help

FAQ 및 문제 해결#

저장 공간 관리#

  • 디스크 사용량 줄이기: 결과를 확인한 후 Nextflow work/ 디렉토리를 안전하게 삭제하여 상당한 디스크 공간을 확보할 수 있습니다:

    # 작업 완료 후 work 디렉토리 제거
rm -rf work/

  • 임시 파일: 여러 모듈은 처리 중에 큰 임시 파일을 생성하며, 이는 성공적인 실행 후 삭제할 수 있습니다:

    • HUMAnN3 (WMS_FUNCTION 결과의 *_humann_temp 디렉토리)

    • 어셈블리 파일 (ASSEMBLY_BINNING 중간 파일)

    • MetaPhlAn bowtie2 인덱스 (WMS_TAXONOMY에서)

  • 선택적 결과 보존: 대규모 메타제노믹 연구의 경우, 필수 출력만 보관하는 것을 고려하세요:

    • 최종 테이블 및 시각화 파일 저장

    • gzip으로 큰 텍스트 출력 압축

    • 성공적인 빈 정제 후 원시 빈닝 결과 보관

자주 발생하는 문제#

  • 메타데이터 형식: 가장 일반적인 오류는 메타데이터 파일 문제에서 발생합니다:

    • 메타데이터 CSV 파일의 샘플 ID가 읽기 파일 이름의 접두사와 정확히 일치하는지 확인

    • 매개변수에 지정된 열 번호(-s/-c, -a)가 올바른지 확인

    • CSV 파일이 탭이나 세미콜론이 아닌 쉼표(,) 구분자를 사용하는지 확인

    • 인터랙티브 모듈의 경우, 분석 단계 전반에 걸쳐 일관된 메타데이터 확인

  • 데이터베이스 설치: 데이터베이스 관련 오류가 발생하면 필요한 데이터베이스를 다시 설치해야 할 수 있습니다:

    # 특정 데이터베이스 재설치
(metafun) metafun -module DOWNLOAD_DB -d humann3     # WMS_FUNCTION용
(metafun) metafun -module DOWNLOAD_DB -d kraken2     # WMS_TAXONOMY용


# 모든 데이터베이스 완전 재설치
(metafun) metafun -module DOWNLOAD_DB

  • 메모리 요구 사항: 여러 모듈은 상당한 메모리를 필요로 합니다:

    • ASSEMBLY_BINNING: OOM 오류가 발생하면 metaSPAdes의 -m 매개변수를 낮춤

    • WMS_FUNCTION: HUMAnN3의 -p 매개변수로 스레드 조정

    • 저메모리 환경의 경우, 작은 배치로 샘플 처리

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